119739 - پروژه پژوهشی
سلام وقت بخیر ببخشید یک پروژه داکینگ و داینامیک مولکولی برای بررسی اتصال یک دارو به ۴ پروتیین دارم،ایاانجام میشه، دارو رایجه ولی پروتیین ها ماله نوعی قارچ مخمری هست آماده‌سازی ساختارها تهیه و بررسی ساختار سه‌بعدی پروتئین‌ها از منابع معتبر مانند PDB یا در صورت نیاز AlphaFold. آماده‌سازی ساختار پروتئین‌ها و لیگاند، شامل حذف مولکول‌های غیرضروری، افزودن هیدروژن‌ها، بررسی پروتوناسیون و تعیین بارها. بررسی و توجیه جایگاه اتصال (Binding Site). ۲. Molecular Docking انجام داکینگ با AutoDock Vina یا AutoDock4. بررسی و انتخاب بهترین حالت‌های اتصال (Binding Poses). تحلیل امتیاز اتصال، پیوندهای هیدروژنی، برهم‌کنش‌های هیدروفوبیک و سایر برهم‌کنش‌های احتمالی. در صورت وجود ساختار بلوری دارای لیگاند مرجع، انجام Redocking و اعتبارسنجی روش با RMSD. نمایش و تحلیل ساختارها با PyMOL یا ChimeraX. ۳. Molecular Dynamics (MD) انجام شبیه‌سازی با GROMACS. استفاده از Force Field مناسب برای پروتئین و لیگاند و توضیح نحوه پارامتردهی لیگاند. انجام مراحل Energy Minimization، NVT، NPT و Production MD. اجرای شبیه‌سازی‌های مستقل برای بررسی تکرارپذیری نتایج. مدت شبیه‌سازی Production برای هر سیستم حداقل 100 ns، در صورت امکان محاسباتی. ۴. تحلیل نتایج MD RMSD RMSF Radius of Gyration (Rg) Hydrogen Bonds Protein–Ligand Interaction/Distance Analysis در صورت امکان MM/PBSA یا MM/GBSA برای برآورد انرژی آزاد اتصال. ۵. خروجی‌های موردنیاز فایل‌های ورودی و خروجی نرم‌افزارها ساختارهای نهایی و فایل‌های trajectory نمودارها و تصاویر با کیفیت مناسب مقاله گزارش روش‌شناسی، پارامترهای شبیه‌سازی و نتایج قابل استفاده در مقاله توضیح کامل نرم‌افزارها، نسخه‌ها و تنظیمات استفاده‌شده لطفاً مشخص بفرمایید:۱. تعداد دقیق سیستم‌ها و تکرارهای مستقل MD چقدر خواهد بود؟ . کنترل‌ها دقیقاً شامل چه سیستم‌هایی هستند؟ . آیا اعتبارسنجی داکینگ و تحلیل MM/PBSA در هزینه اعلام‌شده لحاظ شده‌اند؟ آیا فایل‌های خام و خروجی‌های قابل بازتولید نیز تحویل داده می‌شوند؟ هزینه هر مرحله به‌صورت جداگانه چقدر است؟ سلولی مولکولی، یک کار پژوهشی هست، اما کامل و جامع میخام
امتیاز : 9.2 از 10
فایل ضمیمه
هیچ فایلی ضمیمه نشده است
- اطلاعات پروژه
- 21347کد پروژه
-
تولید محتوا ، نویسندگی و نگارش مقاله
دسته بندی - 13 آبان 1405تاریخ ثبت
- 4 روزمهلت اجرا
- 300,000 تومانحداقل بودجه
- 1,000,000 تومانحداکثر بودجه
- 5 درصد ضمانت اجرا
- آماده دریافت پیشنهادها وضعیت
تایم لاین پروژه
درخواست پشتیبانی-
در انتظار پرداخت
پرداخت تعرفه ثبت پروژه های غیر رایگان
-
در حال بررسی
برسی و تایید پروژه از طرف مدیرت سایت
-
آماده دریافت پیشنهادها
تایید پروژه و نمایش برای مجریان
-
در انتظار پرداخت هزینه پروژه
پرداخت هزینه اجرای پروژه توسط کارفرما
-
در انتظار پرداخت ضمانت اجرا
پرداخت مبلغ ضمانت اجرا توسط مجری
-
در حال انجام
پروژه شما درحال انجام می باشد
-
انجام شد
اتمام اجرای پروژه
لیست پیشنهادها
در حال بارگذاری...